XVII gadsimtā Tobolskas pilsēta panāca lielu attīstību, un to sauca par Sibīrijas galvaspilsētu. Sākotnēji Kremļa pilsēta bija koka. Tomēr viņš bieži tika pakļauts ugunsgrēkiem, tāpēc 17. gadsimta 70. gadu beigās gubernators Pēteris Šeremetjevs saņēma cara pavēli būvēt akmens Tobolskas Kremli. Tātad 1677. gadā tika sākta jaunas Kremļa un Sv. Sofijas katedrāles celtniecība.
Būvniecība
Hagia Sophia tika uzcelta vairāk nekā 10 gadu laikā, bet Tobolskas kremlis bija jāuzbūvē vairāk nekā duci gadu pirms tā galīgā parādīšanās. Cietokšņa sienas augstums sasniedza četrarpus metrus, bet garums - 620 metri. Tajā atradās 9 drošības torņi. Cietokšņa sienās tika uzceltas vairākas baznīcas un skaistas palātas (Kazennaya, Prikaznaya utt.), Gostiny Dvor. Šo struktūru arhitektūrā ir pamanāma Eiropas arhitektūras ietekme, kas raksturīga Pētera Lielā valdīšanas periodam. Projektētājs un būvdarbu vadītājs bija brīnišķīgs krievu kartogrāfs un ģeogrāfs Semjons Remezovs.
Kādu laiku Kremļa celtniecība tika apturēta un atsākta tikai 1746. gadā. Tieši tajā gadā blakus Hagia Sophia tika uzcelta aizlūgšanas katedrāle. 18. gadsimta beigās Tobolskas kremlis zaudēja savu aizsardzības nozīmi un sāka pārvērsties pilsētas centrā. Dabiski, ka cietokšņa sienas bija jāizjauc. Netālu no Pokrovskas katedrāles tika uzcelta Sibīrijas augstākā garīdznieka - bīskapa - rezidence, bet blakus ordeņa palātai - vicekaraļa pilij - skaista celtne krievu klasicisma stilā. Tomēr slavenākais brīdis Kremļa vēsturē bija gigantiskā četrstāvu katedrāles zvanu torņa (75 metru) celtniecības pabeigšana pašā 19. gadsimta priekšvakarā.
Kremļa Tobolskas cietuma pils
Kopš jaunā gadsimta pirmās desmitgades Tobolsku pārstāja uzskatīt par Sibīrijas galvaspilsētu un nodeva šo titulu citai lielai Sibīrijas pilsētai - Omskai, pati pārvērtoties par notiesāto pārkraušanas punktu. Tāpēc cietuma pili uzcēla Kremļa teritorijā, tajā izmitinot apmēram pusotru tūkstošu ieslodzīto. Kādus slavenus viesus šī pils nepieņēma savās "viesmīlīgajās" sienās: Černiševska, Dostojevska, Koroļenko, Petraševska un citi. Starp citu, padomju laikos, īpaši Staļina laikos, šis cietums arī kalpoja savam mērķim.
